Le Secrétariat national est la structure salariée permanente de la FFMC. Composée de cinq personnes, elle assure le fonctionnement de la structure nationale et la coordination des antennes départementales, en liaison avec les structures et associations adhérentes.
Les cinq salariés du Secrétariat national sontAurélie Ronfort, secrétaire de direction, Eric Thiollier, animateur de réseaux , Rodrigue Rubin, chargé de communication, et Homère Gillon, alternant en communication, qui travaillent à Montreuil ; basée à Caen, Vanessa Lebrun est responsable de la trésorerie nationale et des adhésions.
